Kosovon sota
Albaaniväestö kapinaan
Serbian maakuntana olleen Kosovon tilanne kärjistyi kesällä 1998 albaaniväestön noustua kapinaan. Serbihallinto käytti sen kukistamisessa kovia otteita, jolloin Nato uhkasi tehdä intervention. Yleisesti pelättiin, että Kosovosta tulisi Bosnian kaltainen, pitkäaikainen sota-alue. Syksyllä Kosovoon kuitenkin saatiin aselepo, jota valvomaan ryhmitettiin Ety-järjestön johtamia tarkkailijoita.
Jugoslavian pommitukset
Aselevon rikkouduttua talven kuluessa ja rauhanneuvottelujen epäonnistuttua sotilasliitto Nato aloitti maaliskuussa 1999 Jugoslavian pommitukset. Ne kestivät 78 päivää ja yhdessä lisääntyneen kansainvälisen painostuksen kanssa pakottivat serbijoukot kesäkuussa poistumaan Kosovosta. Sinne perustettiin YK:n hallinto, joka sai tuekseen vahvat Nato-johtoiset rauhanturvajoukot (KFOR).
Albaanien kapina Makedoniassa
Entisen Jugoslavian alueen muuten jo rauhoituttua tilanne Kosovon naapurissa Makedoniassa kiristyi vuonna 2001 albaanien noustua kapinaan slaavijohtoista hallitusta vastaan. Tuokin kriisi saatiin lopulta hallintaan kansainvälisin toimin, ja tilanne vakiintui koko entisen Jugoslavian alueella.
Länsi-Balkan pysyi epävakaana
Kosovon sota ja sitä seurannut Makedonian albaaniväestön kapina päättivät Jugoslavian hajoamissodat, mutta epävakaa tilanne alueella jatkui vielä useita vuosia ja sitoi merkittävästi kansainvälisten organisaatioiden voimavaroja. Jugoslavian väkivaltainen hajoaminen kokonaisuudessaan oli myös osoitus siitä, etteivät kansainväliset kriisinhallintatoimet olleet kehittyneet kovinkaan tehokkaiksi. Sotatoimien leviäminen naapurimaihin kyettiin kuitenkin estämään.